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Origine, danger, vaccination: ce que l’on sait sur le variant omicron

Oomicron : le nom du nouveau variant qui inquiète le monde fait penser à celui d’un méchant de science-fiction, mais il est trop tôt pour dire quel impact il aura sur la pandémie de Covid-19. Le point sur ce qu’on en sait et, surtout, sur ce qu’on ignore encore.

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D’où vient-il ?

On l’ignore. Selon l’épidémiologiste sud-africain Salim Abdool Karim, il a été signalé pour la première fois au Botswana avant d’être détecté en Afrique du Sud, qui en a fait l’annonce le 25 novembre. Mardi, les autorités néerlandaises ont déclaré qu’omicron était présent aux Pays-Bas le 19 novembre, sur la base d’un test réalisé à cette date. Mais il est faux d’en déduire qu’omicron a circulé en Europe avant l’Afrique australe : selon l’OMS, « il a été signalé pour la première fois le 24 novembre en Afrique du Sud, et le premier cas confirmé en laboratoire a été identifié à partir d’un échantillon prélevé le 9 novembre ». Il tourne probablement en Afrique du Sud (…) depuis plus longtemps qu’on ne le pensait, depuis début octobre », a avancé mercredi le président du Conseil scientifique qui guide le gouvernement français, Jean-François Delfraissy.

Pourquoi inquiète-t-il ?

Dès le lendemain de l’annonce de l’Afrique du Sud, le nouveau variant a été classé « préoccupant » par l’OMS, qui lui a donné le nom d’une lettre grecque, comme aux précédents. Les inquiétudes sont pour l’instant théoriques : elles viennent d’une part des caractéristiques génétiques d’omicron, et de l’autre de ce qu’on observe en Afrique du Sud. Du point de vue génétique, il possède un nombre de mutations inédit, dont une trentaine dans la protéine spike, la clé d’entrée du virus dans l’organisme.

En se fondant sur l’expérience des précédents variants, on sait que certaines de ces mutations peuvent être associées à une plus grande transmissibilité et à une baisse d’efficacité des vaccins. D’autre part, le nombre de cas et la part attribuée à ce variant augmentent très rapidement dans la province sud-africaine de Gauteng (qui comprend Johannesburg), où il a d’abord été décrit. Il faudra « plusieurs semaines » pour mieux comprendre omicron et savoir s’il est plus transmissible, plus dangereux et plus résistant aux vaccins, a souligné l’OMS. De nombreuses équipes y travaillent à travers le monde.

Va-t-il détrôner le variant delta ?

C’est LA question centrale, à laquelle on ne peut pas encore répondre. delta est aujourd’hui quasi hégémonique dans le monde grâce à ses caractéristiques qui lui ont permis de remplacer la version alpha. Dans cette grande compétition entre variants, ceux qui sont apparus ces derniers mois (mu ou lambda) n’ont pas réussi à lui ravir la première place. La situation dans la province de Gauteng laisse craindre qu’omicron en soit capable. Mais ça n’est pas sûr, d’autant que delta est peu présent en Afrique du Sud.

Si les tendances observées dans ce pays se confirment ailleurs, omicron pourrait devenir majoritaire en Europe « dans les tout prochains mois », a estimé jeudi le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC). Mais ces prévisions mathématiques se basent sur des données très préliminaires, qui peuvent évoluer.

« On ne sait pas encore si la prolifération des cas vient d’une plus grande transmissibilité, comme delta, ou de l’échappement immunitaire » (la capacité à réinfecter des personnes déjà infectées par le passé ou vaccinées, ndlr), a souligné l’expert américain Eric Topol dans le journal britannique The Guardian, tout en penchant plutôt pour la seconde hypothèse. A ce stade, omicron a été détecté dans une vingtaine de pays sur tous les continents.

Plus dangereux ou non ?

C’est une autre question importante à laquelle on ne peut pas encore répondre. Dimanche, une médecin sud-africaine a dit n’avoir observé que des « symptômes légers » chez la trentaine de patients qu’elle a traités. Mais la communauté scientifique a immédiatement mis en garde contre toute conclusion hâtive, en soulignant qu’il s’agissait de patients jeunes, donc moins à risque de formes graves. Pour l’instant, tous les cas documentés en Europe sont « soit sans symptôme soit légers », a indiqué l’ECDC. Mais cela ne veut pas dire qu’omicron ne va pas provoquer de cas grave.

Reste que cela ouvre la porte à une conjecture optimiste. « Si l’omicron est très transmissible, mais pas méchant (ne remplit pas les hôpitaux), il donnerait une immunité de groupe et participerait à atténuer le SARS-CoV-2 en virus saisonnier bénin, ce qui sifflerait la fin de la crise », a relevé sur Twitter le virologue français Bruno Canard. Mais il a précisé qu’un tel scénario serait un « coup de chance ». Nombre de spécialistes soulignent en effet que cette hypothèse n’est pas la plus probable et mettent en garde contre un excès d’optimisme.

Quel impact sur les vaccins ?

Là encore, il est trop tôt pour dire si ce variant réduira l’efficacité des vaccins, même si on peut le craindre. Il faut vérifier si les anticorps produits par nos vaccins actuels fonctionnent toujours, à quel niveau ils fonctionnent et si cela empêche toujours les cas graves. Pour cela, les chercheurs s’appuient sur des tests en laboratoire en attendant des données en vie réelle. Mais même si l’efficacité des vaccins est réduite face à omicron, cela ne veut pas dire qu’ils ne seront plus efficaces du tout.

Car les anticorps ne sont qu’un des volets de la réponse immunitaire, qui passe aussi par des cellules appelées lymphocytes T. Plus difficile à mesurer, cette « immunité cellulaire » n’en joue pas moins un rôle très important, notamment contre les formes graves de la maladie.

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