Vaccins, contagiosité, dangerosité: ce que l’on sait sur le variant omicron

Omicron. C’est le nom du nouveau variant qui fait trembler le monde. Il fait penser à celui d’un méchant de science-fiction, mais il est trop tôt pour dire quel impact il aura sur la pandémie de covid. Le point sur ce qu’on en sait et sur ce qu’on ignore encore.

Sa provenance

On l’ignore. Selon l’épidémiologiste sud-africain Salim Abdool Karim, il a été signalé pour la première fois au Botswana avant d’être détecté en Afrique du Sud, qui en a fait l’annonce le 25 novembre. « Il tourne probablement en Afrique du Sud (…) depuis plus longtemps qu’on ne le pensait, depuis début octobre », a avancé début décembre le président du Conseil scientifique qui guide le gouvernement français, Jean-François Delfraissy.

Faut-il s’en inquiéter ?

Dès le lendemain de l’annonce de l’Afrique du Sud, le nouveau variant a été classé « préoccupant » par l’OMS, qui lui a donné le nom d’une lettre grecque, comme aux précédents. Les inquiétudes sont pour l’heure largement théoriques : elles viennent d’une part des caractéristiques génétiques d’omicron, et de l’autre de ce qu’on observe en Afrique du Sud.

Du point de vue génétique, il possède un nombre inédit de mutations, dont une trentaine dans la protéine spike, la clé d’entrée du virus dans l’organisme. En se fondant sur l’expérience des précédents variants, on sait que certaines de ces mutations peuvent être associées à une plus grande transmissibilité et à une baisse d’efficacité des vaccins.

D’autre part, le nombre de cas de covid et la part attribuée à ce variant ont connu une forte poussée en Afrique du Sud.

La différence avec le variant delta

C’est la question centrale, à laquelle on ne peut pas encore répondre. le variant delta est aujourd’hui quasi hégémonique dans le monde grâce à ses caractéristiques qui lui ont permis de remplacer alpha. Dans cette grande compétition entre variants, ceux qui sont apparus ces derniers mois (mu ou lambda) n’ont pas réussi à lui ravir la première place.

La situation sud-africaine laisse craindre qu’omicron en soit capable. Mais ça n’est pas sûr, d’autant que le variant delta est peu présent en Afrique du Sud.

Si les tendances observées dans ce pays se confirment ailleurs, omicron pourrait devenir majoritaire en Europe « dans les tout prochains mois », a estimé le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC). Mais ces prévisions mathématiques se basent sur des données très préliminaires, qui peuvent évoluer.

« On ne sait pas encore si la prolifération des cas vient d’une plus grande transmissibilité, comme delta, ou de l’échappement immunitaire » (la capacité à réinfecter des personnes déjà infectées par le passé ou vaccinées, NDLR), a souligné l’expert américain Eric Topol dans le journal britannique The Guardian, tout en penchant plutôt pour la seconde hypothèse. A ce stade, omicron a été détecté sur tous les continents.

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Dangerosité

C’est une autre question importante à laquelle on ne peut pas encore répondre, même si plusieurs responsables de santé publique ont tenu des propos rassurants cette semaine. Il est « quasiment certain » qu’omicron n’est pas plus grave que delta, a dit mardi l’éminent scientifique américain Anthony Fauci à l’AFP, estimant même qu’il pourrait être moins dangereux. Des propos confirmés par le patron de l’OMS ce mercredi qui soulignait que le nouveau variant semblait avoir un taux de réinfection plus élevé mais provoquer des symptômes moins sévères que le variant delta.

Les données d’hospitalisation sont plutôt rassurantes en Afrique du Sud, mais il faut rappeler que la population est plutôt jeune, donc moins à risque de formes graves.

Pour l’instant, tous les cas documentés en Europe sont « soit sans symptôme soit légers », a indiqué l’ECDC. Cela ouvrirait la porte à une conjecture optimiste. « Si le variant omicron est très transmissible, mais pas méchant (ne remplit pas les hôpitaux), il donnerait une immunité de groupe et participerait à atténuer le SARS-CoV-2 en virus saisonnier bénin, ce qui sifflerait la fin de la crise », a relevé le virologue français Bruno Canard.

Mais il a précisé qu’un tel scénario serait un « coup de chance ». Nombre de spécialistes soulignent en effet que cette hypothèse n’est pas la plus probable et mettent en garde contre un excès d’optimisme. Si omicron allie une moindre dangerosité mais une plus forte contagiosité, les conséquences resteraient en effet graves sur le plan collectif.

« Des données préliminaires venant d’Afrique du Sud suggèrent un risque de réinfection plus élevé avec omicron, mais plus de données sont nécessaires pour tirer des conclusions plus fermes. Il y a aussi des éléments qui laissent à penser qu’omicron provoque des symptômes moins graves que delta, mais là aussi il est trop tôt pour être certain », a encore déclaré mercredi le patron de l’OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus.

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L’impact sur les vaccins

Là encore, il est trop tôt pour dire si ce variant réduira l’efficacité des vaccins, même si on peut le craindre. De premières études, encore non relues de manière indépendante, montrent en effet cette semaine que les vaccinés semblent générer beaucoup moins d’anticorps efficaces contre omicron que contre les précédents variants.

Mais, selon les groupes Pfizer et BioNTech, à l’origine de l’un des principaux vaccins, il suffirait de donner trois doses pour retrouver un niveau d’anticorps équivalent.

Il est de toute façon difficile de tirer des conclusions précises car le niveau d’anticorps ne préjuge qu’en partie de l’efficacité réelle des vaccins. Car les anticorps ne sont qu’un des volets de la réponse immunitaire, qui passe aussi par des cellules appelées lymphocytes T. Plus difficile à mesurer, cette « immunité cellulaire » n’en joue pas moins un rôle très important, notamment contre les formes graves de la maladie.

« Il n’y a aucune raison de douter » que les vaccins actuels évitent les formes graves chez les patients infectés par omicron, a estimé auprès de l’AFP Michael Ryan, le responsable des urgences de l’Organisation mondiale de la santé (OMS).

> Comment le variant omicron a conquis le monde (carte interactive)